Cơ quan trực thuộc

• Văn phòng
• Thanh tra
• Phòng Tài chính
• Phòng Khoa học Quân sự
• Phòng Thông tin Khoa học quân sự
• Phòng Điều tra hình sự
• Phòng Thi hành án dân sự
• Phòng Cứu hộ cứu nạn
• Phòng Kinh tế
• Bộ Tham mưu[4]

Tham mưu trưởng:Thiếu tướng Nguyễn Đăng Khải

Phó Tham mưu trưởng: Thiếu tướng Đoàn Quốc Việt

Phó Tham mưu trưởng: Đại tá Nguyễn Hữu Thục (7.2018- )

Phó Tham mưu trưởng: Đại tá Thái Minh Đường (9.2018- )

Phó Tham mưu trưởng: Đại tá Lê Văn Trung (01.2020- )

Phó Tham mưu trưởng: Đại tá Trần Xuân Cương (01.2020- )

• Cục Chính trị[5]

Chủ nhiệm: Thiếu tướng Nguyễn Thắng Xuân (02.2019- )

Phó Chủ nhiệm: Thiếu tướng Nguyễn Sơn Hà (12.2017- )

Phó Chủ nhiệm: Đại tá Nguyễn Như Bách

Phó Chủ nhiệm: Đại tá Lê Thành Long

• Cục Hậu cần[6]

Chủ nhiệm: Đại tá Nguyễn Hữu Trung

Chính ủy: Đại tá Hà Trọng Minh

• Cục Kỹ thuật[7]

Chủ nhiệm: Đại tá Trần Kim Quý

Chính ủy: Đại tá Phan Đình Ân

Đơn vị trực thuộc Quân khu

• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Sơn La

Chỉ huy trưởng: Đại tá Tô Quang Hanh (01.2020- )

Chính ủy: Đại tá Hoàng Đình Tường

• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Điện Biên

Chỉ huy trưởng: Đại tá Ngô Quang Tuấn (01.2020- )

• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Lai Châu

Chỉ huy trưởng: Thượng tá Trần Văn Bắc (4.2019- )

• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Lào Cai

Chỉ huy trưởng: Đại tá Vũ Kim Hà

Chính ủy: Đại tá Đỗ Thanh Lãng (01.2020- )

• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Yên Bái

Chỉ huy trưởng: Đại tá Trần Công Ứng (01.2020- )

• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Hà Giang

Chỉ huy trưởng: Thượng tá Lại Tiến Giang (01.2020- )

Chính ủy: Đại tá Trần Đại Thắng (01.2020- )

• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Tuyên Quang

Chính ủy: Đại tá Hà Đình Khiêm (10.2019- )

• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Phú Thọ

Chỉ huy trưởng: Đại tá Vũ Tiến Dũng (01.2020- )

Chính ủy: Đại tá Đinh Quốc Hùng

• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Vĩnh Phúc

Chỉ huy trưởng: Đại tá Nguyễn Thế Hải (5.2018- )

Chính ủy: Thượng tá Hoàng Nam Chung (01.2020- )

• Sư đoàn bộ binh 316
• Sư đoàn bộ binh 355[8]
• Trung đoàn bộ binh 82
• Lữ đoàn Tăng-Thiết giáp 406[9]
• Lữ đoàn Thông tin 604[10]
• Lữ đoàn Phòng không 297[11]
• Lữ đoàn Công binh 543[12]
• Lữ đoàn Pháo binh 168[13]
• Trường Quân sự Quân khu[14]

Đơn vị trực thuộc Cục

• Đoàn KTQP 313 - Bộ CHQS tỉnh Hà Giang[15]
• Đoàn KTQP 326 - Bộ CHQS tỉnh Sơn La[16]
• Đoàn KTQP 345 - Bộ CHQS tỉnh Lào Cai[17]
• Đoàn KTQP 356 - Bộ CHQS tỉnh Lai Châu[18]
• Đoàn KTQP 379 - Bộ CHQS tỉnh Điện Biên[19]
• Tiểu đoàn Phòng hóa 39, Bộ Tham mưu
• Tiểu đoàn Đặc công 19, Bộ Tham mưu[20]
• Tiểu đoàn Trinh sát 20, Bộ Tham mưu[21]
• Tiểu đoàn Vệ binh 15, Bộ Tham mưu[22]
• Toà án Quân sự, Cục Chính trị.
• Viện Kiểm sát Quân sự, Cục Chính trị.
• Bệnh viện Quân y 109, Cục Hậu cần[6]
• Bệnh viện Quân y 6, Cục Hậu Cần
• Trung đoàn Vận tải 652, Cục Hậu cần[23]
• Kho K5, Cục Kỹ thuật[24]
• Kho K28, Cục Kỹ thuật[25]
• Kho K79, Cục Kỹ thuật[26]
• Xưởng X78, Cục Kỹ thuật[27]